HYDRA est une organisation terroriste militarisée créée par Ernst Kaufmann après la première guerre mondiale, en tant que simple cellule de recherches et de développement d'armes pour l'armée allemande. Johann Schmidt, un SS, tua Kaufmann et prit la suite de la cellule de recherche pour en faire sa propre unité en la nommant HYDRA, avec l'approbation du Führer Adolf Hilter (Addy pour les intimes). Le nom HYDRA vient de la créature mythologique l'hydre de Lerne. Le slogan de l'organisation est: cut off one head, two more will take its place c'est-à-dire, coupez une tête, et deux autres surgiront. L'HYDRA sous la direction de Schmidt fut bientôt chargée d'un certain nombre d'expérimentations scientifiques et de recherches de l'occulte, développant ainsi des armes particulièrement avancées pour leur époque.

Durant la Seconde Guerre Mondiale, Schmidt participa activement à la conquête de l'Europe avec l'HYDRA derrière lui. C'est lui qui organisa la tentative — avortée — d'assassinat d'Howard Stark, qui rejoignit en réponse le SSR, l'ancêtre du S.H.I.E.LD. Il captura en 1940 le scientifique Abraham Erskine (le créateur du sérum du super-soldat, celui qui avait transformé Steve Rogers en Captain America) et utilisa son fameux sérum pour devenir un surhomme. Malheureusement, à cause de sa personnalité trop instable et mauvaise, le sérum ne fonctionna pas et Johann Schmidt devint le Red Skull.

Bientôt plus fidèles au Red Skull qu'au Führer, les agents de l'HYDRA furent les premiers à trouver le Tesseract afin de le transformer en arme pour conquérir l'Europe entière... y compris l'Allemagne. C'est à partir de là que Captain America, à l'aide des Howling Commandos, commença à se pencher sur le problème HYDRA et à détruire systématiquement les bases de l'organisation terroriste. Après de multiples combats, Captain America, les Howling Commandos et l'armée américaine parvinrent à détruire la plupart des bases d'HYDRA, à capturer ses membres les plus hauts-gradés et à confisquer ses artéfacts les plus puissants comme l'Obelisk ou le Tesseract.

De nombreux agents d'HYDRA furent recrutés par le S.H.I.E.L.D et ceux qui n'avaient pas été capturés s'infiltrèrent dans les rangs de l'organisation américaine. HYDRA était donc toujours active après sa démise par Captain America, et possédait de nombreuses bases abritant leurs nouvelles expériences, comme par exemple le Winter Soldier (un ancien ami de Captain America devenu pro-HYDRA à cause de multiples manipulations chimiques et psychologiques). Le Winter Soldier devint l'assassin attitré de l'HYDRA, même s'il travaillait officiellement pour l'Union Soviétique — un atout propice et discret dans le contexte de la Guerre Froide.

Pendant des années, l'HYDRA a donc agi dans l'ombre, sans que personne ne soupçonne son existence. Après la Bataille de New York, ils récupérèrent des armes Chitauri qu'ils utilisèrent dans le cadre de leurs expériences, construisant notamment une base de recherches en Sokovie où ils tentèrent de recréer le sérum du super-soldat. Telles expériences améliorèrent notamment les mutations de Pietro et Wanda Maximoff.

Deux années après la Bataille de New York, Captain America, Faucon et Black Widow découvrirent l'infiltration d'HYDRA dans le S.H.I.E.L.D et décidèrent de la révéler au monde. Ces évènements entraînèrent le démantèlement du S.H.I.E.L.D et la prétendue fin d'HYDRA, les deux devenant des organisations terroristes aux yeux du monde. Plus le temps de se cacher: tous les agents d'HYDRA furent conviés à se retourner contre le S.H.I.E.L.D partout dans le monde. Ils prirent le contrôle (ou détruirent) de nombreuses bases du S.H.I.E.L.D, l'affaiblissant de manière significative.

HYDRA entretenait l'ambition de contrôler le monde. Ses membres continuèrent leurs expériences partout dans le monde (notamment en Sokovie, où le cas Maximoff fut plus que satisfaisant - ils furent les seuls deux survivants, leurs super-pouvoirs naturels ayant été augmentés), implantant des bases de recherches sur le sol américain et recrutant des scientifiques brillants, ignorant pour qui ils travaillaient vraiment. Quant à ceux qui le savaient, mais dont HYDRA avaient besoin, ils utilisaient sur eux le contrôle mental, une technique de brainwash développée par l'HYDRA.

Ils partirent à la recherche de mutants et de mutés à travers le monde pour les ramener (de gré ou de force) à leur cause. Leurs opérations furent de nombreuses fois contrées par le S.H.I.E.L.D ou les Avengers mais néanmoins, l'HYDRA devenait plus forte de jour en jour. L'un des plus gros coups durs de l'HYDRA fut quand les Avengers récupérèrent le Sceptre de Loki en Sokovie, et libérèrent les jumeaux Maximoff. Ayant déjà perdu le Winter Soldier lors des évènements au Triskelion, ils perdirent ensuite les jumeaux qui rejoignirent les Avengers pendant un temps avant de devenir indépendants.

Aujourd'hui, l'HYDRA est dirigée par six têtes, six êtres puissants dont l'identité est bien cachée du public. Si l'organisation a connu de nombreux problèmes dernièrement, notamment à cause des Avengers et du S.H.I.E.L.D., elle n'en a pas moins l'intention de prendre le contrôle du monde.

update : le 14 avril 2016, le grand red skull a fait son retour à la tête l'HYDRA. Il a immédiatement mis tout le monde au pas et fait part de ses intentions de remettre l'organisation à la tête du monde. Ce qu'il est parvenu à faire le 8 novembre 2016 en étant élu Président des Etats-Unis sous l'apparence de Mike Pence.

L'HYDRA n'a pas le fonctionnement pyramidal du S.H.I.E.L.D. Très simplement, à chacun est donné une mission, et chacun l'exécute le plus rapidement possible sous peine d'être éliminé. Il y a peu d'équipes opérantes de l'HYDRA comme il y a dans le S.H.I.E.L.D. C'est un conseil, composé de six personnes, qui dirige l'organisation.

La plupart des agents exécutifs de l'HYDRA sont éparpillés dans le monde sans objectif précis. HYDRA est surtout présente grâce à sa quantité affolante de sympathisants et de scientifiques travaillant pour eux sans le savoir. Les membres de l'HYDRA se reconnaissent entre eux en se marmonnant Hail HYDRA quand ils pensent être du même bord. La force de l'HYDRA réside aussi dans son grand nombre d'armes de destruction bien plus avancées que celles du S.H.I.E.L.D.

De plus, l'HYDRA a à sa botte de nombreux mutants et mutés, ainsi que des membres (appelés améliorés) du projet expérimental CENTIPEDE, généralement des volontaires ayant avalé une forme de sérum du super-soldat. Néanmoins, ce sérum ne rend pas invincible et avec la démise de l'HYDRA, beaucoup de ces agents sont morts. Ils reçoivent leurs ordres directement de leur Superviseur grâce à des lentilles connectées impossibles à enlever sous peine d'explosion.

Ainsi, l'HYDRA se compose des six têtes du conseil, d'agents/soldats aux missions nombreuses allant de l'infiltration (cas de plus en plus rare) à l'attaque d'unités du S.H.I.E.L.D, de scientifiques et de mutants/mutés/améliorés destinés à trouver, débusquer et détruire les équipes du S.H.I.E.L.D sur le territoire américain.

les têtes de l'hydra
Au nombre de six, les têtes de l'HYDRA sont les dirigeants de l'organisation néo-nazie. Dispersés un peu partout, ils font en sorte de pouvoir intervenir dans le monde entier.

les agents
Il existe deux types d'agents. Les actifs qui sont généralement des combattants de haut niveau et qui se rendent sur le terrain afin d'effectuer de nombreuses missions. Et les dormants, qui sont des agents manipulés, formatés par l'HYDRA avant d'être placés dans d'autres organisations importantes pour s'y infiltrer. Un simple ordre, une simple commande suffit à les réveiller pour tout détruire sur leur passage.

les scientifiques
L'HYDRA a plusieurs objectifs et être à la tête d'un monde composé d'une race supérieure d'êtres humains en fait partie. C'est pour cela que l'organisation dispose d'un nombre important de scientifiques qui brillent dans tout un tas de domaines.

autres
Hommes politiques, investisseurs ou simples partisans, ces gens ne sont peut-être pas les plus actifs au sein de l'HYDRA mais ils restent nécessaires à la cause, puisqu'ils apportent de l'argent, du pouvoir ou même des informations aux têtes de l'HYDRA qui décident ensuite de comment se servir de tout cela.